L’apprenti.e contribuera aux travaux de recherche dans le domaine de l’écologie microbienne, portant plus spécifiquement sur la caractérisation des communautés de microorganismes et de leurs interactions avec les métaux/métalloïdes dans des environnements aquatiques.Au cours du premier trimestre, l’apprenti.e sera initié.e aux techniques utilisées en écologie microbienne et aux équipements du laboratoire. Il.elle sera formé.e sur un ensemble de techniques : (i) microbiologiques et biogéochimiques dans le but d’entretenir la souchothèque du laboratoire : préparation de milieux de cultures enrichis en métalloïdes tels que l’arsenic ou l’antimoine, ensemencements de microorganismes en milieu liquide ou solide.(ii) moléculaires : extraction d’ADN, PCR et électrophorèse en préparation du séquençage haut-débit Il.elle devra consigner ses résultats dans un cahier de laboratoire, mettre en forme et présenter les résultats à l’aide de différents supports (Excel, pdf, power point).L’apprenti.e sera formé.e et appliquera la réglementation liée aux activités expérimentales et aux règles d’hygiène et de sécurité. Au cours du second trimestre, l’apprenti.e sera impliqué.e dans des missions de prélèvements sur le terrain et de conditionnement des échantillons microbiologiques et / ou géochimiques en vue d’une expérimentation.Il.elle participera aux tâches courantes du laboratoire, à la gestion des stocks, des commandes, des déchets. Il sera initié aux analyses bioinformatiques et statistiques sous R pour l’analyse de données issues de séquençage haut-débit.Il.elle participera à des expérimentations microbiologiques et biogéochimiques en batchs visant à déterminer des cinétiques d’oxydation de l’antimoine par des bactéries.Au cours de 3ème trimestre, sa mission principale portera sur le développement d’un protocole de biologie moléculaire : la PCR quantitative. Cette technique permettra de quantifier précisément les gènes d’intérêts étudiés dans l’équipe, qui participent à la bioremédiation des sites pollués par les métaux et métalloïdes (ex : anciens sites miniers).En parallèle, il. elle réalisera un travail de recherche bibliographique en s’appuyant sur la littérature scientifique le plus souvent en anglais, qui lui permettra d’établir un état de l’art concernant notre thématique de recherche et la synthèse des travaux déjà réalisés sur les développements méthodologiques envisagés.